刘天飞1,罗*1,王艳1,周广源1,,马杰1,舒鼎铭1,苏国生,瞿浩*
(1.广东省农业科学院动物科学研究所,畜禽育种国家重点实验室,广东省畜禽育种与营养研究重点实验室,广州;.佛山科学技术学院生命科学与工程学院,佛山;.丹麦奥胡斯大学分子生物学和遗传学系,TjeleDK-)
摘要:本研究比较简化基因组测序技术和基因芯片技术实施基因组选择的基因组估计育种值(GEBV)准确性。本研究在AH惠阳胡须鸡资源群体F代中随机选取95个个体(其中公鸡1只,母鸡18只,来自8个半同胞家系),同时采用10XSLAF测序技术和IlluminaChicken60KSNP芯片进行基因标记分型。采用基因组最佳无偏估计法(GBLUP)和BayesCπ对6周体重、1周体重、日均增重、日均采食量、饲料转化率和剩余采食量等6个性状进行GEBV准确性比较研究,并采用5折交叉验证法验证。研究结果表明,采用同一基因标记分型平台,两种育种值估计方法GEBV准确性差异不显著(P0.05);不同的性状对基因标记分型平台的选择存在差异,对于6周体重,使用基因芯片可获得更高的GEBV准确性(P0.05),对于剩余采食量,则使用简化基因组测序可获得更高的GEBV准确性(P0.05)。综合6个性状GEBV均值比较,两个基因标记分型平台之间差异不到0.01,高通量测序技术和基因芯片技术都可以用于*羽肉鸡基因组选择。
关键词:*羽肉鸡;基因组估计育种值;简化基因组测序;基因芯片;交叉验证法
中图分类号:S81.文献标识码:A文章编号:
ComparisonbetweenReduced-RepresentationGenomeSequencingandSNPChipforGenomicSelectioninYellow-featheredBroiler
LIUTianfei1,LUOChenglong1,WANGYan1,ZHOUGuangyuan1,,MAJie1,SHUDingming1,SUGuosheng,QUHao1
(1GuangdongProvincialKeyLaboratoryofAnimalBreedingandNutrition,StateKeyLaboratoryofLivestockandPoultryBreeding,InstituteofAnimalScience,GuangdongAcademyofAgriculturalSciences,Guangzhou,China;CollegeofLifeScienceandEngineering,FoshanUniversityofScienceandTechnology,Foshan,China;CenterforQuantitativeGeneticsandGenomics,DepartmentofMolecularBiologyandGenetics,AarhusUniversity,Tjele,Denmark)
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