节目主题：基因检测你了解多少？
节目主持：桂明清
节目嘉宾：医院副院长武多娇（副教授）
1.什么是病原基因检测
病原基因检测是使用宏基因组测序来检测致病病原体的技术，在把样本灭活、裂解、提取、扩增、上机之后，检测样本中存在的基因片段，再与数据库中的基因序列对比分析，从而识别出样本中有无致病病原体及其相对丰度。
2.病原基因检测传统的微生物检测方法,有哪些优势。
主要优势在敏感性、时效性，这在一些难培养的病原体和急危重症感染患者的病原体检测中更为明显。传统的培养方法只能培养出与人类相关的1%的微生物,其中血培养阳性率大约在13%,肺泡灌洗液的培养阳性率大约在27%。在检测时间上，病原基因检测可以做到最快24小时出报告。另外，病原基因检测是一次性检查所有种类的微生物，包括细菌、真菌、寄生虫、支原体、病毒等，对混合性感染的检测能力更强。
3.感染性病原基因检测报告为阴性时,可以说一定没有感染吗?
诊断的意义不在于一定要查出阳性，通过病原基因检测排除感染也能为临床医生提供诊断依据。在理论上,感染性病原基因检测具有“泛病原体检测”的能力(即同时检测病毒、细菌、真菌和寄生虫的能力),与有倾向性的传统检测相比,在排除感染方面更具有说服力。在同一患者多次感染性病原基因检测都为阴性的情况下,更应考虑阴性的价值,即患者不是感染性疾病,可能是免疫性疾病、肿瘤等疾病。
4.病原基因检测从采样到出报告需要多久？
48小时以内，因为基因检测不需要培养，实验室接收样本后马上就能进行样本处理，时间主要花费在机器检测和数据分析上，但这个时间还是比传统检测快了很多。
5.做一次病原基因检测要花费多少，能医保报销吗？
宏基因组测序法检测病原基因一次需要元，目前不在医保报销的范围内，所以我们建议患者在疑难感染或者危急感染的时候做病原基因检测，好钢用在刀刃上。
6.抗生素的使用对于病原基因检测的结果影响大吗?
clinicalinfectiousdiseases期刊上发表的例样本病原基因检测临床实践研究结果显示,抗生素对病原基因检测的影响较培养方法小。这和两种方法对样本内微生物的活性要求不同有关，培养需要细菌或真菌有较强的活性，而抗生素会抑制其活性甚至杀死一部分致病菌，增加疾病相关病原体培养成功的难度。病原基因检测则是直接提取样本内的所有dna或者rna，并且经过pcr扩增之后再检测，所以即使样本中病原体较使用抗生素前少，也能有较高的检出率。
7.病原基因检测会有假阴性或假阳性吗？
假阴性或者假阳性是很多检测都会遇到的问题，基因检测也不例外，但是我们可以在检测的各个环节降低假阴性、假阳性的概率。针对假阴性，最重要的阶段就是样本采集和保存，者需要临床医生对患者的感染情况做出判断，在患者有明确感染灶比如肺部感染、创口感染、颅内感染等，就要分别采集肺泡灌洗液、创口拭子、脑脊液，如果感染部位不明或采样困难，同时又有血流感染的症状，可以采集外周血检测，并且所有种类样本采集后要尽快送到实验室处理或冻存，一份合格的标本会大大提高致病病原体的检出率。针对假阳性，我们每一次的检测中都会加一份阴性对照，全程和患者标本同样的处理，最后的报告我们会结合阴性样本的结果，做出综合判断，把实验中样本间污染的可能性降到最低，以保证报告的可信度。
8.病原基因检测这么好，是不是所有患者都需要做这个检测？
不是的，进行病原基因检测是有相应的适应症的，近两三年的多个病原基因检测临床应用专家共识也都支持这一点。传统的实验室检测包括培养、生化、分子生物学检测可以应对一般的感染检测，对于传统检测不能检出以及临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷患者，推荐进行病原基因检测。举个例子，一个患者，怀疑有中枢神经系统的急性感染,可以在抽取脑脊液时留取2ml脑脊液标本保存于-16～-20℃冰箱。在完成常规生物化学检查和培养之后,若3d内未获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效,可以考虑使用冻存样本进行病原基因检测。这种一前一后的检测方式同样也适用于其他类型非危急重症的感染患者。
9.病原基因检测还有什么其他的应用场景吗？
一些慢性疾病，症状持续久又没有明确病因的，可以试着做一下病原基因检测，一些感染性疾病的症状和其他非感染疾病你的症状存在一定的相似性，比如肺结节、囊肿、长期发热、咳嗽等，这个时候就需要对病因进行鉴别，病原基因检测就可以检查出有无致病微生物存在，从而帮助医生确诊或者排除感染。
10.做病原基因检测有什么需要注意的吗？
有的，对于医生，最重要的是结合生化免疫指标和临床症状，对患者当前的感染情况有大致的判断，需要送检病原基因检测时，能正确留取样本，采集一份合适的样本，实验就成功了一大半，这其中值得注意的主要是标本类型、采集时间、样本量等，样本类型主要与感染部位有关，比如呼吸道感染时，肺泡灌洗液、痰液、血液都可以使用，但是最好采用肺泡灌洗液；伤口感染时，需要采集感染组织或深部拭子，并在出现发热、寒战等全身感染症状患者建议同时送检血标本。还有就是抗生素的使用，虽然使用抗生素对基因检测的影响比传统检测方法小，我们还是建议尽量在使用抗生素前留取标本，已经使用抗生素的再下一次使用抗生素前留取样本。我们对于各种感染样本的采集有一套完整的指南，以帮助临床医生正确留取样本。
11.基因检测会造成我的基因信息泄露吗？
这个不会的，病原基因检测是针对样本中病原微生物的基因检测，测序结果只体现出各种微生物的信息，数据分析时仪器会自动筛选掉人类基因组片段，所以不用担心造成基因信息泄露风险。
12.既然最后结果是和数据库对比得到的，那么不在数据库中的病原体怎么办？
我们使用的数据库包含有近一万三千种病原体的基因组序列信息，囊括了细菌、真菌、病毒(dna/rna)、支原体、衣原体、寄生虫等已发现的绝大部分致病微生物并且可以鉴定到属和种，能够满足对临床医生的诊断指导。如果真的能发现之前从未发现的病原体，也能将细菌、真菌鉴定到属，病毒鉴定到科，结合患者临床症状和最近一段时间内结果统计，对发现可疑的新发传染病也有一定帮助。
13.一些细菌会有耐药性，病原基因检测怎么指导用药呢？
因为抗生素的使用，耐药细菌的种类也是逐渐增多，病原基因检测因为是直接提取dna，所以不能像传统微生物培养做药敏实验一样判断耐药性，而是使用“多重pcr”这种技术，进一步检测提取的dna片段中有无耐药基因片段的存在，从而判断该菌株是否为耐药菌，并指导使用合适的药物进行治疗，同时也能保证时效性。
编辑：干钰琼
上观号作者：上海金山