年安诺基因动植物微生物重测序合作文章盘点来啦，本年度合作文章发表于NatureCommunications、Genomebiology等多个期刊，最高影响因子为14.，文章涵盖科研领域多个研究热点：自交不亲和、生物脱氮、群体进化、三代基因组denovo等。
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自交亲和二倍体马铃薯的基因定位物种：马铃薯发表时间：.7发表期刊：NatureCommunications（IF14.）文章单位：云南师范大学、中国农业科学院深圳农业基因组研究所主要内容本文报道了一个自交亲和二倍体马铃薯RH89--16（RH），它与自交不亲和株系杂交时，能有效地诱导自交不亲和向自交亲和过渡，该自交亲和材料是利用基因组编辑技术敲除S-RNase基因和筛选S-RNase自然突变体的方式获得的。通过图位克隆等手段，在RH中发现了S-locusinhibitor（Sli）基因；通过农杆菌介导的转基因技术等进行功能验证，发现RH中的Sli可以作为一种高效的SI-breaker，用于生产自交亲和的二倍体马铃薯；文章对候选基因Sli进行作用机制的探究，该基因能够与雌蕊特异性S-RNase的多个等位变异相互作用，此外，Sli基因的功能类似于一般的S-RNase抑制剂，将SC传递给RH和其他自交不亲和的马铃薯。Sli的发现为二倍体杂交育种计划提供了一条前进的道路。图1通过图位克隆和转基因分析鉴定NSF鱼类Y染色体图谱构建物种：大刺鳅发表时间：.7发表期刊：GenomeBiology（IF13.）文章单位：福建师范大学、华中农业大学主要内容本文结合三代测序和Hi-C数据完成了一个单倍型大刺鳅（Mastacembelusarmatus）染色体水平的基因组组装，构建了鱼类Y染色体完整图谱。利用重测序数据，本研究发现了一个约7Mb的完全性连锁区（SLR），跨越了性染色体的着丝粒，并且几乎完全嵌入在着丝粒的异染色质中。X染色体和Y染色体上的SLR在序列和基因含量上几乎相同，但都是重复的异染色质，符合零重组或低重组。本研究结合转录组数据分析，获得SLR中两个特异性表达的基因SYCE3和HMGN6，其中HMGN6是指导睾丸发育的性别决定候选基因。图2着丝粒的核型和鉴定全基因组测序用于结核病耐药监测及耐药水平鉴定物种：结核杆菌发表时间：.9发表期刊：ClinicalMicrobiologyInfection（IF8.）文章单位：中国疾病预防控制中心、牛津大学主要内容本研究研究评估了全基因组测序（WGS）的预测准确性、在结核病耐药性监测中的应用以及量化耐药性相关突变对抗结核药物MIC影响的能力。采用WGS法测定株分离株对10种抗结核药物的敏感性。通过比较WGS测定的耐药率与表型药敏试验测定的真实耐药率来确定WGS的准确性。使用纽曼-科伊尔斯检验来确认突变的MIC差异。结果显示，WGS能准确预测表型易感性，是一种有价值的耐药监测工具，可用于检测耐药水平；它可以成为结核病耐药性监测和确定治疗方案的重要方法。图3一线药物不同突变的分布和log2MIC氧化亚氮排放生物脱氮系统的慢性氧化锌纳米颗粒应力响应及其恢复潜力物种：污泥菌群发表时间：.5发表期刊：BioresourceTechnology（IF7.）文章单位：东南大学主要内容本研究定量分析了长期暴露于氧化锌纳米颗粒（ZnONPs）下的序批式反应器中的氮转化性能和温室气体氧化亚氮（N2O）排放，并评估了系统的自我恢复潜力。ZnONPs对氨氮（NH4+-N）和总氮（TN）的去除效率以及N2O排放量具有剂量依赖性抑制效应。抑制的N2O排放量与亚硝酸盐/NO还原酶和N2O还原酶的活性比呈正相关，这可能是异养反硝化过程受到抑制引起的。糖代谢关键酶和电子传递链活性的抑制是异养反硝化性能下降的主要原因。此外，通过亚硝酸盐分流可使NH4+-N和TN的去除效率恢复到控制水平。然而，在恢复期内，N2O排放量显著高于对照，这主要是亚硝酸盐氧化活性降低的不可逆性导致的。图4BNR通路和相关酶的示意图野生玫瑰染色体水平基因组组装物种：玫瑰发表时间：.9发表期刊：DNAresearch（IF4.）文章单位：中国林业科学院、山东农业大学主要内容本文使用PacBio和Hi-C技术组装了高质量的Rosarugosa染色体水平的基因组。最终组装的基因组序列大小约为.1Mb。系统发育分析表明Rosarugosa在万年前从Rosachinensis分化而来，后未发生谱系特异性全基因组复制事件。染色体共线性分析表明，Rosarugosa和Prunuspersica之间的同源性高度保守。比较基因组和转录组分析揭示了与颜色、气味和环境适应相关的基因。染色体水平的参考基因组为分子辅助育种和园艺比较基因组学研究提供了重要的基因组资源。图5玫瑰的基本形态及其基因组的组装和注释以上是安诺动植物微生物重测序产品线合作文章中的部分文章案例分享，感谢为科研付出的科研院校及单位，同时也感谢默默为科研贡献力量、勤劳钻研的你！后续更多产品文章盘点请持续