研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！
常用数据库汇总》给各位老师介绍了一些常用的miRNA研究数据库，今天就为大家挑选几个常用的数据库介绍一下其使用方法。这些数据库一般是通过预测miRNA种子区与mRNA的结合情况来预测靶基因。种子区（seedgion）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA3’-UTR上的靶位点完全互补。每个数据库都有自己独特的一套规则，但主要遵循以下几个基本原则：miRNA与其靶位点的互补性；miRNA靶位点在不同物种之间的保守性；miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；miRNA靶位点处不应有复杂的二级结构等。当然，具体允许有多少个错配，哪里有错配，这就因数据库而异了。当然，这种预测也并不是完全正确的，因为动物miRNA:mRNA双链往往含有错配、缺口或凸出，因此，预测并不一定是准确的。不过，对于分值最高的匹配，后续实验的成功率还是挺高的。以下便是人们常用的miRNA靶点预测工具及其使用方法。
植物miRNA靶基因的预测
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