治疗青少年白癜风 http://nb.ifeng.com/a/20180410/6493214_0.shtml原文以AlleleAnalyzer:atoolforpersonalizedandallele-specificsgRNAdesign为标题发布在GenomeBiology期刊CRISPR基因编辑系统的成功实施依赖于所设计的向导RNA（guideRNA）的高效性(highsensitivity)和特异性(highspecificity)。目前领域内研究者开发了若干计算工具用于CRISPR基因编辑系统的向导RNA优化设计，包括优化向导RNA的切割效率以及预测其在全基因组范围内的潜在脱靶位点（off-targetsites）。这些计算工具通常会考虑向导RNA与切割位点的碱基匹配情况、DNA序列特征、表观遗传学特征以及基因组染色质开放程度等，并以此作为预测向导RNA切割效率和潜在脱靶位点的重要指标。然而，现有工具在设计过程中一般会使用常用的参考基因组，如人类的参考基因组hg38或小鼠参考基因组GRCm38等。在实际实验以及临床治疗过程中，所使用的细胞系、组织乃至个体化的病人基因组均有可能与参考基因组存在大量的序列差异，如在人类全基因组中，这种差异平均可以达到0.1%。尽管向导RNA通常可以耐受单碱基差异，但这种个体化的序列差异在全基因组内具有一定的可能性会降低向导RNA的切割效率，同时导致不准确的脱靶预测结果。基因编辑系统进入临床的首要考量是安全性，所以我们有必要深入探究个体化基因组差异对于基因编辑系统优化设计的影响，这也是当前精准医学和个体化治疗的一种重要的体现。近日，美国旧金山Gladstone研究所KatherineS.Pollard教授课题组在GenomeBiology上发表Software类文章AlleleAnalyzer:atoolforpersonalizedandallele-specificsgRNAdesign，该工作即是对CRISPR基因编辑系统的个性化向导RNA设计的有益探索。需要指出的是，ZhangFeng等于年在NatureMedicine发文，通过分析ExACandGenomesdata，初步探讨了个体化基因组差异对于基因编辑系统的影响；同时，PNAS在同年发表Dana-FarberCancerInstitute的MatthewC.Canver课题组工作，同样指出在CRISPR保真性研究中需要考虑个体化基因组差异对于基因编辑系统可靠性和安全性评估的影响。但是，这两个工作均是通过大规模的个体基因组样本分析说明在基因编辑中考虑个体化基因组差异的重要性，并没有详细探讨如何利用该个体化差异来帮助我们进行基因编辑系统的优化设计。ZhangFeng等的工作中选取了了若干不受个体化差异影响的通用sgRNA(UniversalsgRNA)用于实现可靠的基因编辑，是从“求同”的角度来考虑该影响，而AlleleAnalyzer进一步指出如何利用这种个体化的基因组差异来进行个体化的sgRNA设计，体现的是一种“求异”的思想。求同存异相辅相成，可以帮助我们更好实现个体化和精准化的基因编辑和基因治疗。GenomeBiologydoi:10./s---3
