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GregorMendel提出了基因分离和基因重组的概念来描述性状的遗传模式。许多其他的遗传过程后来也被描述，包括基因沉默，基因印记，转座子激活和副突变。由于现在对于许多物种中非孟德尔表型可能的表观遗传贡献有着相当大的兴趣，表观遗传学领域已经成为研究的一个热点领域。最早的玉米表观遗传调控的例子是芭芭拉·麦克林托克发现的转座子沉默，这是一种通过转座因子（TEs）的最小化转座破坏基因组的表观遗传机制。沉默的TEs表现出高水平的DNA甲基化，而活性的TEs通常与低甲基化有关。从那时起，基因表达模式的表观遗传调控和许多其他表观遗传现象已在玉米中被报道。通过DNA/RNA甲基化的染色质修饰、翻译后组蛋白修饰和ncRNAs的表观遗传调控可以在植物的许多过程中发挥重要作用，包括发育调控，对环境刺激的反应，以及对局部环境的适应。